以前沒碰到過這種問題，在eclipse下只轉過Tomcat，沒超時過。
后來奔向了netbeans。據我所知netbeans沒有server超時設定，時間太長的話項目build會失敗但server總是能起來。這樣再build項目的話運行是沒問題的。
如今項目要用eclipse轉JBoss，于是遇到了timeout：
'Starting SERVER_NAME' has encountered a problem.
Server SERVER_NAME was unable to start within 50 seconds. If the server requires more time, try increasing the timeout in the server editor.
找了半天沒找到server editor...
當時不能上網，就一個個文件點開排查。
最后找到了修改方法：
編輯servers.xml（your_workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/servers.xml），搜索"start-timeout"，把值改大，比如start-timeout="50000"。當然，需要重啟eclipse。
PS:剛才搜索到了
另一個方法，明天再試試:
Double-click the server in the Servers view to open the
server editor. Then expand the Timeouts section on the right side of
the editor.