目前已有上百種聲稱具有工作流管理功能的商品化軟件或原型系統。為了對這些系統的功能、特點等有一具清晰的認識，可以根據工作流過程本身的特點、系統建模的方式、所使用的底層支撐技術、以及工作流過程的執行方式等的不同而對它們進行相應的分類如下：
1、結構化的與即席的
結構化工作流指的是在實際工作過程中會反復重復、嚴格按照某個固定的步驟進行的業務過程。定義此種工作流所需要的各種類型的信息可以通過對業務過程進行詳細的分析而得到，從而得到完整的過程定義并在以后的應用過程中反復使用。大量的辦公程序，如公文處理、審批等都屬此類。即席工作流則是針對那些重復性不是很強或沒有重復性的工作流程的，關于這類流程執行所需的有關參數(如參加者等)事先無法確定，而必須推遲到過程實例運行時才能確定，同時在執行過程中間還可能會發生一些意外的情況。這種動態多變的特點在提供更高靈活性的同時，也為過程的建模與執行帶來更多的復雜性。
2、面向文檔的與面向過程的
前者的側著點在于將電子形式的文檔、圖像等在有關的人員之間進行分發，以便能夠得到不同人的處理與審閱。現有的文檔管理與映像管理系統均屬此類。在面向過程的WfMS中，工作流被描述成一序列執行環節。與各環節相應都有待處理的數據對象。各環節的數據對象可以按不同的方式分發到其他環節中去，如可以將數據對象的值作為控制條件、或者依此數據對象組裝成其他的數據對象等。高端的WfMS一般都屬此類系統。
3、基于郵件和基于數據庫
前者使用電子郵件來完成過程實例執行過程中消息的傳遞、數據的分發與事件的通知。低端的系統所使用的經常就是此種方法，它可以充分發揮電子郵件系統在廣域環境下的數據分發功能，但整個系統將運行于一種松散耦合的模式下。在基于數據庫的WfMS中，所有的數據都保存在某種類型的DBMS中，過程的執行實際上就是對這些數據的查詢與處理。高端的大規模系統所使用的一般都是此種方法。
4、任務推動的與目標拉動的
前者指的是從過程的開始逐步地一個環節一個環節的執行，當某個活動實例被處理完之后，后續的有關活動將被創建并被激活，由此直至整個工作流程的完成。這是目前大多數面向過程的WfMS所使用的執行方式。而在目標拉動的WfMS中，一個業務流程被看成是一個目標。過程實例執行時，該目標將被分解得到多個相互之間按一定約束條件的關聯起來的可執行的多個環節，其中各環節還可以當成是子目標而進一步進行分解。在各環節均執行完畢之后，整個過程也就完成了。目標拉動是一種全新的執行方式，下一代的WfMS將具有此種特征。應該說明的是：上述分類只是從不同的角度入手的。一般來說，后面那些特點將給WfMS帶來更好的靈活性，同時也將成為那些能夠支持跨機構的大規模復雜工作流管理、面向關鍵任務的WfMS不可缺少的特征。
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