學習一門新的知識，不可能指望只看一本，或者兩本書就能夠完全掌握。需要有一個循序漸進的閱讀過程。我推薦Oreilly出版的Java系列書籍。
在這里我只想補充一點看法，很多人學習Java是從《Thinking in Java》這本書入手的，但是我認為這本書是不適合初學者的。我認為正確的使用這本書的方法應該是作為輔助的讀物。《Thinking in Java》并不是在完整的介紹Java的整個體系，而是一種跳躍式的寫作方法，是一種類似tips的方法來對Java很多知識點進行了深入的分析和解釋。
對于初學者來說，最好是找一本Java入門的書籍，但是比較完整的循序的介紹Java的語法，面向對象的特性，核心類庫等等，在看這本書的同時，可以同步來看《Thinking in Java》，來加深對Java的理解和原理的運用，同時又可以完整的了解Java的整個體系。
對于Java的入門書籍，蔡學鏞推薦的是Oreilly的《Exploring Java, 2nd Edition》 或者《Java in a Nutshell,2nd Edition（針對C++背景）》，我并沒有看過這兩本書。其實我覺得電子工業出版社的《Java 2編程詳解》或者《Java 2從入門到精通》就很不錯。
在所有的Java書籍當中，其實最最有用的，并不是O'reilly的 Java Serials，真正最最有用處是JDK的Documentation！幾乎你想獲得的所有的知識在Documentation里面全部都有，其中最主要的部分當然是Java基礎類庫的API文檔，是按照package來組織的，對于每一個class都有詳細的解釋，它的繼承關系，是否實現了某個接口，通常用在哪些場合，還可以查到它所有的public的屬性和方法，每個屬性的解釋，意義，每個方法的用途，調用的參數，參數的意義，返回值的類型，以及方法可能拋出的異常等等。可以這樣來說，所有關于Java編程方面的書籍其實都不過是在用比較通俗易懂的語言，和良好的組織方式來介紹Documentation里面的某個package里面包含的一些類的用法而已。所以萬變不離其宗，如果你有足夠的能力來直接通過Documentation來學習Java的類庫，那么基本上就不需要看其他的書籍了。除此之外，Documentation也是編程必備的手冊，我的桌面上有三個Documentation的快捷方式，分別是J2SDK1.4.1的Documentation，Servlet2.3的Documentation和J2SDKEE1.3.1的Documentation。有了這個三個Documentation，什么其他的書籍都不需要了。
對于Java Web 編程來說，最核心的是要熟悉和掌握HTTP協議，這個就和Java無關了，在熟悉HTTP協議之后，就需要熟悉Java的實現HTTP協議的類庫，也就是Servlet API，所以最重要的東西就是Servlet API。當然對于初學者而言，直接通過Servlet API來學習Web編程有很大的難度，我推薦O'reilly的《Java Server Pages 》這本書來學習Web 編程。
EJB的書籍當中，《Enterprise JavaBeans, 2nd Edition》是一本很不錯的書， EJB的學習門檻是比較高，入門很難，但是這本書完全降低了學習的難度，特別重要的一點是，EJB的學習需要結合一種App Server的具體實現，所以在學習EJB的同時，必須同步的學習某種App Server，而這本書相關的出了三本書，分別是Weblogic6.1，Websphere4.0和JBoss3.0上面部署書中例子的實做。真是既有理論，又有實踐。在學習EJB的同時，可以邊看邊做，EJB的學習會變得很輕松。
但是這本書也有一個問題，就是版本比較舊，主要講EJB1.1規范和部分EJB2.0的規范。而Ed Roman寫的《Mastering EJB 2.0》這本書完全是根據EJB2.0規范寫的，深入淺出，覆蓋了EJB編程的各個方面，并且還有很多編程經驗tips，也是學習EJB非常推薦的書籍之一。
如果是結合Weblogic來學習J2EE的話，《J2EE應用與BEA Weblogic Server》絕對是首選讀物，雖然是講述的Weblogic6.0，仍然值得購買，這本書是BEA官方推薦的教材，作者也是BEA公司的工程師。現在中文版已經隨處可見了。這本書結合Weblogic介紹了J2EE各個方面的技術在Weblogic平臺上的開發和部署，實踐指導意義非常強。
在掌握了Java平臺基礎知識和J2EE方面的知識以后，更進一步的是學習如何運用OO的方法進行軟件的設計，那么就一定要學習“設計模式”。Sun公司出版了一本《J2EE核心模式》，是每個開發Java企業平臺軟件的架構師必備的書籍。這本書全面的介紹了J2EE體系架構的各種設計模式，是設計師的必讀書籍。