今天為了這個問題了忙乎了一整天，特此記錄下，希望對有遇到同樣問題的同學有幫助。事情的經過是這樣的，原先使用atomikos一直把數據源用jndi配置到tomcat的context.xml下，一直這么用沒有出現問題，配置如下
<Resource name="jdbc/cms" auth="Container"
type="com.atomikos.jdbc.AtomikosDataSourceBean" factory="com.atomikos.tomcat.EnhancedTomcatAtomikosBeanFactory"
uniqueResourceName="jdbc/cms" xaDataSourceClassName="com.mysql.jdbc.jdbc2.optional.MysqlXADataSource"
xaProperties.URL="xxxx"
xaProperties.user="xxxx" xaProperties.password="xxxx"
xaProperties.pinGlobalTxToPhysicalConnection="true" maxLifetime="60" poolSize="4" />
最近項目要遷移到maven下，所以把context.xml的數據源配置挪到了spring.xml下，配置如下
<bean id="myDataSource" class="com.atomikos.jdbc.AtomikosDataSourceBean" init-method="init" destroy-method="close">
<property name="uniqueResourceName" value="masterDB" />
<property name="xaDataSourceClassName" value="com.mysql.jdbc.jdbc2.optional.MysqlXADataSource"/> <!-- SQLErrorCodes loaded: [DB2, Derby, H2, HSQL, Informix, MS-SQL, MySQL, Oracle, PostgreSQL, Sybase, Hana] -->
<property name="poolSize" value="0" />
<property name="minPoolSize" value="0"/>
<property name="maxPoolSize" value="9"/>
<property name="borrowConnectionTimeout" value="60"/>
<property name="reapTimeout" value="20"/>
<property name="maxIdleTime" value="60"/>
<property name="maintenanceInterval" value="60"/>
<property name="loginTimeout" value="60"/>
<property name="xaProperties">
<props>
<prop key="url">xxxx</prop>
<prop key="user">xxxx</prop>
<prop key="password">xxxx</prop>
</props>
</property>
</bean>
因為上面這個配置我是照搬網上的，所以覺得沒有問題，可是項目啟動后，用此數據源提交事務時確報以下錯誤：
Raised -5: invalid arguments were given for the XA operation 或 XAER_INVAL: Invalid arguments (or unsupported command)
一開始我以為maven配置的mysql-connector-java驅動版本不對，或是atomikos版本不對，可是不管如何換版本都不行，就快要瘋了的時候，我看到了原先jndi方式中有這么一行代碼
xaProperties.pinGlobalTxToPhysicalConnection="true"
就因為缺少上面這句話導致了問題,上網查資料，據說是mysql xa bug，有興趣的可以看如下連接，最后配置如下：
<property name="xaProperties">
<props>
<prop key="pinGlobalTxToPhysicalConnection">true</prop> <!-- mysql必須配置此參數，要不然無法提交事務 -->
<prop key="url">xxxx</prop>
<prop key="user">xxx</prop>
<prop key="password">xxxx</prop>
</props>
</property>