Magic Linux 團隊由三個部門組成：系統開發部，網站開發部，管理協調部。
系統開發部負責Magic Linux的開發和維護。現在由6個小組組成，分別如下：
1、系統文檔組：用戶手冊的撰寫和更新。
2、系統支持組：文檔翻譯、問題解答、FAQ整理、用戶手冊編寫、以用戶代表身份編寫ML應用解決方案等。
3、系統測試組：硬件測試、軟件測試；兼容性測試、穩定性測試、性能測試、以各類用戶代表身份進行評價。
4、系統計劃組：需求調研、需求征集、反饋意見整理、需求管理和版本計劃、其他發行版觀察員、以各類用戶代表身份提出需求。
5、系統開發組：安裝程序開發、配置程序開發、自主應用開發、錯誤修正和軟件包維護、其他發行版移植、升級補丁包開發、版本控制。
6、系統資源組：軟件搜集、軟件漢化、桌面背景制作、窗口裝飾制作、桌面圖標制作、其他發行版觀察員/移植員。
網站開發部負責Magic Linux官方網站的開發和日常維護工作。現在由2個小組組成，分別如下：
1、網站維護組：網站的日常維護和更新。
2、網站開發組：網站修復和開發。
管理協調部主要協助不同部門和組之間的管理和協調工作。