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上海第二醫(yī)科大學附屬瑞金醫(yī)院：擁有床位1380，實際1700。職工3000多人，其中科研人員800余人。研究生（博士碩士）200多。該醫(yī)院科室齊 全，實力雄厚。有院士三人均為血液專業(yè)【王振義，陳竺，陳賽娟】。我個人認為在上海綜合性醫(yī)院里綜合實力最強，其中血液，內分泌，微創(chuàng)，普外，消化尤為突 出。這個醫(yī)院碩導或博導帶研究生的話一般均有課題，所以這個醫(yī)院的研究生絕大部分為科研型。2002，SCI全國醫(yī)院排名第二僅次于解放軍總醫(yī)院。由此可 見，該院論文數雖不算排名很前但是高質量的論文很多。2003年，教育部七年制教學評估對該院的臨床教學檢查認為：該院臨床教學實力雄厚，名不虛傳（傳說 二醫(yī)的臨床強，而上醫(yī)的基礎強）。目前，由于第二醫(yī)科大學碩士擴招導致該院研究生人數上升，質量下降，就業(yè)形式也大不如從前，但是臨床型研究生的招生人數 大大增加了。該院研究生畢業(yè)留下來的可能性很小，一般留人以留該院7年制學生為主。盡管如此，該院的研究生教育水平在全國還是很靠前的，且能感受一下瑞金 的醫(yī)院文化氛圍。該院每月補貼研究生津貼為：碩士350博士400。
復旦大學附屬中山醫(yī)院：擁有1080，實際不知。該院的心外和肝癌（基礎）實 力十分強大。實力雄厚。但是我個人認為它的綜合實力相對差些因為該院腫瘤，兒科，婦科，耳鼻候，眼科等科室均被分離出去了成立了各自的單科醫(yī)院。它的綜合 實力甚至不及長海醫(yī)院。據說該院臨床型研究生每月的津貼十分可觀。該院研究生以臨床型為主，具體原因不知。在該院讀研到是不用擔心生活費。
第二軍醫(yī)大學附屬長海醫(yī)院：該院是軍隊系統(tǒng)具體情況不是很清楚，但是綜合實力在上海可位于三甲以內。
復旦大學附屬華山醫(yī)院：該院最強的三個科室號稱三駕馬車（神經，皮膚，傳染），綜合實力較差。據說該院皮膚科的進修醫(yī)生一年都可以撈幾萬回家，據說該院是上海三甲醫(yī)院里職工獎金最高的醫(yī)院之一，去該院工作不錯。
上 海第二醫(yī)科大學附屬仁濟醫(yī)院：該院在老一輩上海人中被稱為三院具體原因不知。該院以消化內科的江紹基院士（已故），他的弟子簫樹東目前為全國消化內科主任 委員。男性科也是該院的強項。仁濟醫(yī)院在十年前其實力在上海第二醫(yī)科大學附屬醫(yī)院里面坐頭把座椅，但是目前已被瑞金醫(yī)院遠遠超過，但是瘦死的駱駝比馬大， 仁濟醫(yī)院也有比較強大的科研，其中近年來風濕科在全國首屈一指，據說連協和的風濕也不如它，不知是不是夸張，但是根據上海、北京醫(yī)學分屬南北二個學派，說 仁濟風濕是南派的領袖應該不為過。仁濟醫(yī)院將會搬遷至浦東，老地址發(fā)展空間有限，搬遷后應該會有所發(fā)展。
上海第二醫(yī)科大學附屬新華醫(yī)院：號稱全上海門急診量第一（每年200多萬），該院的兒科出色，尤其是它的附屬單位上海國際兒童醫(yī)學中心對小兒先心病的手術治療全國第一。
上海市第一人民醫(yī)院：原屬上海醫(yī)科大學附屬醫(yī)院，現為上海交大附屬醫(yī)院。該院在移植方面較為突出，其腎臟、肝臟、以及心臟搭橋方面實力不俗。但是做為附屬醫(yī)院其教學、科研能力還有待完善。
上海市第六人民醫(yī)院：現為上海交大附屬醫(yī)院，同時也是上海第二醫(yī)科大學教學醫(yī)院。該院以骨科、超聲科及糖尿病為強項。該院有一名院士為糖尿病方面（項三坤）。
上海第二醫(yī)科大學附屬第九人民醫(yī)院：該院以口腔、頜面外科整形著名。該院也有三名院士【張絳生、邱蔚六、戴克戎】。該院整形外科全國聞名，目前在生物工程方面也獨占鰲頭，該院曹宜林在全國第一個在小白鼠身上長出人形耳廓。
排名如下：
1。瑞金醫(yī)院
2。中山醫(yī)院
3。長海醫(yī)院
4。仁濟醫(yī)院
5。華山醫(yī)院
6。上海市第一人民醫(yī)院
7。上海市第六人民醫(yī)院
8。新華醫(yī)院
9。長征醫(yī)院
10。上海市第九人民醫(yī)院