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上海第二醫科大學附屬瑞金醫院：擁有床位1380，實際1700。職工3000多人，其中科研人員800余人。研究生（博士碩士）200多。該醫院科室齊 全，實力雄厚。有院士三人均為血液專業【王振義，陳竺，陳賽娟】。我個人認為在上海綜合性醫院里綜合實力最強，其中血液，內分泌，微創，普外，消化尤為突 出。這個醫院碩導或博導帶研究生的話一般均有課題，所以這個醫院的研究生絕大部分為科研型。2002，SCI全國醫院排名第二僅次于解放軍總醫院。由此可 見，該院論文數雖不算排名很前但是高質量的論文很多。2003年，教育部七年制教學評估對該院的臨床教學檢查認為：該院臨床教學實力雄厚，名不虛傳（傳說 二醫的臨床強，而上醫的基礎強）。目前，由于第二醫科大學碩士擴招導致該院研究生人數上升，質量下降，就業形式也大不如從前，但是臨床型研究生的招生人數 大大增加了。該院研究生畢業留下來的可能性很小，一般留人以留該院7年制學生為主。盡管如此，該院的研究生教育水平在全國還是很靠前的，且能感受一下瑞金 的醫院文化氛圍。該院每月補貼研究生津貼為：碩士350博士400。
復旦大學附屬中山醫院：擁有1080，實際不知。該院的心外和肝癌（基礎）實 力十分強大。實力雄厚。但是我個人認為它的綜合實力相對差些因為該院腫瘤，兒科，婦科，耳鼻候，眼科等科室均被分離出去了成立了各自的單科醫院。它的綜合 實力甚至不及長海醫院。據說該院臨床型研究生每月的津貼十分可觀。該院研究生以臨床型為主，具體原因不知。在該院讀研到是不用擔心生活費。
第二軍醫大學附屬長海醫院：該院是軍隊系統具體情況不是很清楚，但是綜合實力在上海可位于三甲以內。
復旦大學附屬華山醫院：該院最強的三個科室號稱三駕馬車（神經，皮膚，傳染），綜合實力較差。據說該院皮膚科的進修醫生一年都可以撈幾萬回家，據說該院是上海三甲醫院里職工獎金最高的醫院之一，去該院工作不錯。
上 海第二醫科大學附屬仁濟醫院：該院在老一輩上海人中被稱為三院具體原因不知。該院以消化內科的江紹基院士（已故），他的弟子簫樹東目前為全國消化內科主任 委員。男性科也是該院的強項。仁濟醫院在十年前其實力在上海第二醫科大學附屬醫院里面坐頭把座椅，但是目前已被瑞金醫院遠遠超過，但是瘦死的駱駝比馬大， 仁濟醫院也有比較強大的科研，其中近年來風濕科在全國首屈一指，據說連協和的風濕也不如它，不知是不是夸張，但是根據上海、北京醫學分屬南北二個學派，說 仁濟風濕是南派的領袖應該不為過。仁濟醫院將會搬遷至浦東，老地址發展空間有限，搬遷后應該會有所發展。
上海第二醫科大學附屬新華醫院：號稱全上海門急診量第一（每年200多萬），該院的兒科出色，尤其是它的附屬單位上海國際兒童醫學中心對小兒先心病的手術治療全國第一。
上海市第一人民醫院：原屬上海醫科大學附屬醫院，現為上海交大附屬醫院。該院在移植方面較為突出，其腎臟、肝臟、以及心臟搭橋方面實力不俗。但是做為附屬醫院其教學、科研能力還有待完善。
上海市第六人民醫院：現為上海交大附屬醫院，同時也是上海第二醫科大學教學醫院。該院以骨科、超聲科及糖尿病為強項。該院有一名院士為糖尿病方面（項三坤）。
上海第二醫科大學附屬第九人民醫院：該院以口腔、頜面外科整形著名。該院也有三名院士【張絳生、邱蔚六、戴克戎】。該院整形外科全國聞名，目前在生物工程方面也獨占鰲頭，該院曹宜林在全國第一個在小白鼠身上長出人形耳廓。
排名如下：
1。瑞金醫院
2。中山醫院
3。長海醫院
4。仁濟醫院
5。華山醫院
6。上海市第一人民醫院
7。上海市第六人民醫院
8。新華醫院
9。長征醫院
10。上海市第九人民醫院